La novela empieza con Edmond Dantès volviendo a Marsella, donde se encuentra con su familia y sus amigos. Dantés, a punto de recibir una promoción de capitán, y también a punto de casarse con una bella catalana, Mercedes.

Se revela que el anterior capitán, Leclère, que era un acérrimo defensor del ahora exiliado Emperador Napoleón, encomendó a Dantès en su lecho de muerte que entregara un paquete al gran mariscal Maréchal Bertrand, que se encontraba exiliado en la isla de Elba. Durante su visita, habló con el propio Napoleón, que le pidió que entregara una carta confidencial a un hombre en París.

Sin embargo, el inocente Dantès no se da cuenta de cómo su fortuna afecta a los que él considera sus amigos. Danglars, el jefe de cargamento que envidia la promoción de Edmond, y Fernand, que ama a Mercédès, pretenden acusar a Edmond como agente bonapartista; entonces es enviado al procurador y magistrado Villefort. Aunque Villefort se convence enseguida de la inocencia de Edmond y está a punto de dejarlo en libertad, descubre que el destinatario no es otro que su propio padre, Noirtier, un importante bonapartista. Sin embargo, el hijo ha denunciado a su padre para mejorar sus relaciones con el actual régimen realista, y un resurgimiento de las especulaciones sobre su verdadera lealtad podría dañar irrevocablemente su carrera y evitar su inminente boda con una conocida familia aristócrata. Para enterrar este secreto, Villefort envía a Edmond a pudrirse indefinidamente en el infame Castillo de If.

Durante el encarcelamiento, Dantès comienza a desesperarse. Empieza rezando a Dios por su liberación, pero sigue sufriendo año tras año, y al tiempo intenta suicidarse dejando de comer. Cuando esta a punto de morir, recupera la voluntad para vivir al escuchar el sonido que producía otro prisionero al cavar para conseguir escapar. Poco después se encuentra con el otro prisionero, el abate Faria, con quien forma una muy buena amistad, llegándolo a considerar como su padre. Faria se convierte en su instructor en varios temas, desde la historia a las matemáticas, el lenguaje y la filosofía. Como resultado de sus conversaciones con Faria, Dantès empieza a juntar las piezas de la historia que lo condenó a su penuria actual. Él y Faria trabajan durante largas horas en un túnel para escapar, pero el viejo y enfermizo Faria no sobrevive para verlo terminado. Viendose moribundo, Faria le confía a Dantès el escondite de un gran tesoro en la isla de Montecristo que ascendía a lo que hoy serían aproximadamente 1400 millones de dolares, él, sorprendido, al principio desconfía del abate por ser ese el tema que lo condeno al mote de