Se sitúa a continuación del final de la tercera temporada de la serie Héroes, un año después de un ataque terrorista que sucede en Odessa, Texas, atribuído a unos individuos con poderes sobrenaturales. Esto provoca que el gobierno inicie una caza contra los superhumanos (llamados EVO), que se ven obligados a volver a la clandestinidad para sobrevivir.

Vuelven a aparecer antigüos héroes de la serie original, así como nuevos, como la incríñeble chica katana que entra dentro de los videojuegos e interactúa así con la realidad, o un teleportador de materia, entre otros muchos.

El argumento principal girará entorno a lograr salvar al mundo de algo que acontece, algo realmente destructivo aún por descubrir.