La primera temporada de la serie está basada en la vida de la reina Isabel la Católica, abarcando desde 1461 a 1474 y narra parte de su niñez, su matrimonio con Fernando el Católico y su duro camino hacia el trono de Castilla.
La serie comienza con la muerte del rey Enrique IV y los preparativos de la proclamación de la princesa de Asturias Isabel como reina de Castilla y acto seguido la acción se traslada a su infancia en la villa de Arévalo donde reside junto a su hermano menor Alfonso y su madre Isabel de Portugal cuando son reclamados a la corte que se encuentra en Segovia por su medio hermano el rey y su esposa Juana de Portugal, debiendo así separarse de su madre, para evitar que puedan ser utilizados por la nobleza del reino contra los intereses de la Corona cuando el rey anuncie el próximo nacimiento de su hijo. El rey les dice a los infantes Isabel y Alfonso que cuando nazca su futuro hijo les dejará volver con su madre a Arévalo. Sin embargo, el nacimiento de una niña (Juana), dificulta las cosas e Isabel y su hermano no pueden volver con su madre. Los nobles del reino juran fidelidad a la hija del rey y es proclamada princesa de Asturias, pero uno de ellos, Juan Pacheco, marqués de Villena, da testimonio de que la niña es hija de la reina pero no del rey y empieza a difundir el rumor de que el padre de la niña es en realidad Beltrán de la Cueva, un valido de Enrique IV, motivo por el cual la niña empieza a ser conocida como «la Beltraneja». Los reyes intentan concertar el matriomonio de la infanta Isabel con el rey Alfonso V de Portugal, pero ésta lo rechaza. Presionado por los rumores sobre la no legitimidad de Juana para la sucesión al trono, el rey designa a su medio hermano el infante Alfonso como príncipe de Asturias y por tanto su heredero, pero no consigue apaciguar a un grupo de nobles entre los que están Juan Pacheco, su hermano Pedro Girón y su tío Alfonso Carrillo, el Arzobispo de Toledo, que comienzan a conspirar usando para sus intereses a Isabel y Alfonso, culminando sus acciones en la llamada Farsa de Ávila donde Enrique IV es depuesto en efigie y se proclama al infante Alfonso como rey y que dará lugar a las primeras acciones bélicas que se enmarcan dentro de los conflictos por la sucesión de Enrique IV de Castilla. Por su lado la Casa de Mendoza, con la que había entrocado Beltrán de la Cueva al casarse con la dama Mencía de Mendoza, apoya al rey y a su hija Juana.
El punto álgido de la guerra llega con la batalla de Olmedo, pero ninguno de los bandos llega a imponerse de forma definitiva sobre el otro y unos meses después se produce la muerte del infante Alfonso por lo que el grupo de nobles que lo había apoyado pasa apoyar ahora a la infanta Isabel como pretendiente al trono de Castilla. Sin embargo acaban por renunciar a sus pretensiones y reconocen a Enrique IV como indiscutido rey de Castilla a condición de que éste a su vez reconozca a la infanta Isabel el título de princesa de Asturias y su derecho legítimo a sucederle como futura reina en lugar de su hija, que es considerara no apta para la sucesión por haber nacido en un matrimonio que no disponía de una bula del Papa, hecho que se plasma en la reconciliación que se dio a conocer como los Pactos de Guisando, en los que también se mencionaba que Isabel se casaría con el hombre que ella eligiese, aunque teniendo el consentimiento de Enrique IV. Anteriormente el grupo de nobles enfrentado a Enrique IV había intentado casar el matrimonio de la infanta Isabel con Pedro Girón, pero la repentina muerte de éste evitó el enlace y Enrique IV trata de concertar el matrimonio de la princesa Isabel con Carlos de Valois, duque de Guyena y hermano del rey de Francia, pero sin consultarlo con ella.
Mientras tanto en la vecina Corona de Aragón el rey Juan II sintiéndose amenazado por el Reino de Francia intenta buscar a través de una política matrimonial de su hijo y heredero Fernando y al que había cedido el título de rey de Sicilia, la ayuda de la Corona de Castilla. Primero a través del matrimonio de su hijo con una hija de Juan Pacheco por considerarlo uno de los hombres más influyentes de Castilla, pero más tarde surge la idea del matrimonio entre los herederos de las coronas de Castilla y Aragón, Fernando e Isabel, que siendo primos necesitarían de una bula del Papa para casarse.
Isabel finalmente elige al príncipe aragonés para casarse contra los deseos de Enrique IV, pero Fernando entra de incógnito en Castilla para casarse con Isabel en la ciudad de Valladolid, usando para ello una bula falsa, aunque años después tras la muerte del Papa, el siguiente pontífice regulariza el matrimonio de Isabel y Fernando concediendo la bula que les permite la unión conyugal siendo primos.
Tras años de desecuentros y de algunos movimientos en las alianzas, como el acercamiento de Isabel y Fernando a la casa de Mendoza y el alejamiento del arzobispo Carrillo, Enrique IV intenta reconcialarse con Isabel definitivamente y ésta viaja a la corte reuniéndose con su medio hermano y poco tiempo después y tras la muerte de Juan Pacheco, muere Enrique IV, momento en el que Isabel es proclamada reina como Isabel I de Castilla.
La segunda temporada escenifica la vida de Isabel durante la guerra civil por el trono entre los partidarios de Isabel y Fernando y los de Juana la Beltraneja (1475-1479). Posteriormente cubre algunos sucesos de la Guerra de Granada, la expulsión de los judíos y los preparativos del primer viaje de Cristóbal Colón a «Las Indias».
Tras proclamarse reina de Castilla en Segovia a la muerte de su hermanastro el rey Enrique IV de Castilla, Isabel tendrá que ganarse junto a su marido Fernando de Aragón la lealtad y el apoyo de los nobles para consolidar su reinado. Sin embargo, un grupo de nobles contrarios a ella defenderá los derechos sucesorios de Juana, conocida como la Beltraneja. Para ello, acudirán a Portugal, cuyo rey, Alfonso V, establecerá una alianza y declarará la guerra contra el bando isabelino, casándose con su sobrina Juana. Comienza así lo que se conoce como la Guerra de Sucesión Castellana. Tras años de conflicto, la guerra concluye con la victoria isabelina, el encierro de Juanita en un convento, el fallecimiento del rey Alfonso, la proclamación de Juan II como nuevo rey de Portugal y la promesa de matrimonio entre el único hijo de éste y la primogénita de Isabel y Fernando.
Esta promesa de matrimonio se hace realidad cuando la infanta Isabel contaba con 20 años y el príncipe Alfonso con 16. A pesar de la diferencia de edad, los jóvenes esposos se enamoran al instante, pero su felicidad se ve truncada cuando, apenas unos meses después de casarse, Alfonso fallece en una caída del caballo que pudo ser provocada por su suegro Fernando, temeroso de que el trono pudiera quedar en manos extranjeras a causa del débil estado de salud del príncipe Juan, su único heredero varón. Por otro lado, una vez finalizada la Guerra de Sucesión, Isabel y Fernando, ya reyes de Castilla y de Aragón, establecen la Inquisición poniendo al frente a Tomás de Torquemada, hacen frente a las crisis matrimoniales provocadas por las infidelidades de él y arrinconan progresivamente a los judíos influenciados por Fray Hernando de Talavera, el nuevo confesor de la reina. Pero, sobre todo, se embarcarán en la Guerra de Granada, que durante diez años tendrá ocupados los esfuerzos militares del reino.
El objetivo es conquistar -reconquistar, desde el punto de vista castellano- el Reino Nazarí. Para ello, se aprovecharán de las luchas internas que comenzaron a raíz de la historia de amor entre el emir Muley Hacén y la cautiva cristiana Isabel de Solís, convertida al Islam con el nombre de Zoraida. La sultana Aixa se ve desplazada por la nueva esposa de su marido y su odio se acrecienta cuando Muley nombra al hijo que tiene con Zoraida como su sucesor, desheredando así a Boabdil, el hijo mayor de Aixa. A diferencia de su padre, que era un guerrero, Boabdil era un hombre de letras que ocupaba su tiempo en la composición de poemas. Alentado por su madre y gracias a la ayuda de los abencerrajes, Boabdil se subleva contra su padre y accede al trono. Con el reino dividido en dos emires, será capturado por los Reyes Católicos, que le ofrecerán ayuda para vencer a su padre y a su tío El Zagal a cambio de que les entregue Granada una vez sea él el único emir, teniéndoles que dejar a su hijo como rehén.
Una vez muerto Muley, tiene lugar la toma de Málaga, que se salda con la huida de El Zagal y la conversión en esclavos de toda la población musulmana de la ciudad. A pesar de ello, Boabdil cree poder resistir a los castellanos gracias al apoyo de la armada turca. Pero Isabel y Fernando acampan frente a la Alhambra, fundan la ciudad de Santa Fe y realizan un brutal asedio a Granada que llevan a la ciudad a una situación de hambre y miseria insostenible para sus habitantes. Boabdil, viéndose aislado y amenazado, toma la decisión de rendirse. Pero no entregará el reino hasta el último momento. En su ausencia, Aixa opta por no dejar piedra sobre piedra. Está dispuesta a destruir la Alhambra e inmolarse con los suyos antes que capitular. Pero Morayma, esposa de Boabdil, temerosa de que la rebelión de Aixa provoque la muerte de su hijo, avisa a su marido de la traición de su madre. Así, el último emir de Granada se enfrenta por fin a su progenitora y, con todo su pesar, hace entrega de la ciudad a los reyes de Castilla. Antes de partir al exilio, contempla la Alhambra por última vez y llora, escuchando de Aixa la frase: "Llorad, llorad como una mujer lo que no supisteis defender como un hombre".
Mientras duraba la contienda a Granada, Isabel preparaba el viaje hacia las Indias que le había propuesto un navegante llamado Cristobal Colón. Tras tomar la ciudad, consiguen por fin financiación para el mismo. Además, alentados por Torquemada, toman la decisión de expulsar a todos los judíos de los reinos de Castilla y de Aragón.
La tercera y última temporada finalizará con la muerte de Isabel, sus días finales y su legado.