La trama de la serie gira en torno al mafioso de Nueva Jersey Tony Soprano (James Gandolfini) y las dificultades que enfrenta tanto en su hogar como en la organización criminal que dirige. A su vez, la serie también se centra en la historia de los personajes cercanos a Tony, especialmente su esposa Carmela (Edie Falco) y su sobrino y protegido Christopher Moltisanti (Michael Imperioli).

Tony Soprano, italo-americano de Nueva Jersey, está estresado e insatisfecho, atravesando una crisis de la mediana edad. Su imposibilidad de mantener a sus dos familias en armonía y según los códigos de la tradición son la causa de los ataques de pánico que lo llevarán al psicoanálisis. La presencia de una madre castradora y autoritaria que conspira contra su propio hijo, su tío que es su principal rival en los negocios y también conspira contra él junto con su madre, los conflictos generacionales con sus hijos y los problemas de comunicación con su esposa son algunos de los ejes de su terapia y de la serie. Y por el lado de la familia mafiosa, la lucha por el poder como consecuencia de la muerte de cáncer del jefe, Jackie Aprile, y más adelante los problemas con las familias de Brooklyn.

A diferencia de la mayoría de las historias de mafiosos, Los Soprano no transcurre en New York o Chicago sino en New Jersey, cuya geografía se nos invita a recorrer con los títulos iniciales de cada capítulo. Frente a los grandes negocios mafiosos aparece el del reciclaje de basuras. Otro de los grandes temas que recorre la espina de la serie es la esencia y los conflictos del italo-americano en Estados Unidos, como otra forma de problematizar el tema de la identidad (tanto individual como grupal, y en las dos familias).

A partir de estas bases, la serie estudia con precisión de cirujano la condición humana y los conflictos morales y existenciales de nuestra época, poniendo en primer plano al hombre solo haciendo frente al mundo y al paso del tiempo.