La serie consiste en el amor por sobrevivir de un adolescente superdotado llamado Malcolm, en medio de una familia de clase media estadounidense. El tema de los episodios varía mucho, desde simples exámenes en la escuela, feroces batallas entre los miembros de la familia, a episodios en los que Malcolm se debate entre la niñez y la adolescencia, lo cual le confunde aún más.

Cada situación le enseña a sobrevivir y valiosas lecciones que aprende siempre por las malas. Tiene muy mala suerte y casi siempre todo le sale mal (posiblemente debido a la forma errónea de pensar de sus padres). Aunque Malcolm, es el protagonista, la historia no gira alrededor de él de forma exclusiva. Por lo general los episodios se dividen en conflictos personales de todos los protagonistas. Hal tiene una mente en constante actividad y por esa razón siempre tiene algo en que ocuparse, Dewey y también enfrentan desafíos distintos y Malcolm desarrolla su historia en la escuela o en casa con Reese planeando algo.

Por esta razón, un episodio puede tratarse de algún problema de Malcolm pero a su vez, su padre y sus hermanos se enfrentan a situaciones inverosímiles, Lois por lo general tiene que controlarlos a todos y de alguna forma, es la encargada de administrar justicia. En un principio, la familia se muestra como una familia de clase media-media, pues tienen suficiente dinero para sostenerse aunque están privados de lujos. Conforme avanza la serie, Malcolm y Reese tienen que trabajar y darle todo el dinero a su madre, a pesar de eso viven en quiebra, pues Lois queda embarazada y, al llegar el quinto hijo les va de mal en peor.