La serie está basada en la leyenda artúrica del mago Merlín y su relación con el príncipe Arturo, aunque difiere significativamente de las versiones tradicionales del mito, pues se desarrollan en la pubertad de ambos personajes.

Merlin se presenta como un joven que oculta sus secretos de dominio de la magia hacia el resto, que vigilados por la palabra de Uhter Pendragón, el padre de Arturo, prohibe todo uso de magia en su reino bajo pena de muerte. Al mismo tiempo, se abrirá paso para ser escudero del hijo del rey, de Arturo, y logrará protegerle de todos los males usando sabiamente la situación así como la magia cuando él no pueda verlo o recordarlo.

Muchos personajes irán bailando alrededor de este dúo, como Mordred, Morgaine (la hermana de Arturo), un dragón muy peculiar, y otros tantos.

Toda la serie se desarrolla en un guión de pequeños retazos de suspense, algún que otro punto cómico en situaciones disparatadas, y en inspiraciones medievales.