En el episodio piloto (Emisario), el comandante de la Flota Estelar Benjamin Sisko toma el mando de la estación Espacio profundo 9. Él y Jadzia Dax encuentran el primer agujero de gusano estable que se haya visto, y descubren que los seres que lo habitan no están entrelazados con el espacio-tiempo normal. Para los extremadamente religiosos bajoranos, los alienígenas del agujero de gusano son sus dioses (Profetas), y el agujero en sí, es un Templo Celestial en el que residen. El mismo Sisko es recibido como el "Emisario de los Profetas", mediante el cual los profetas actúan.

Esto sienta las bases para arcos históricos de larga duración. Sisko inicialmente ve su rol como icono religioso con disconformidad y con escepticismo, refiriéndose a los Profetas como simples "alienígenas del agujero de gusano", intentando mantener su rol de comandante de la estación más allá de las creencias religiosas de los bajoranos. Más tarde, acepta su rol, y para el final de la serie, lo reconoce abiertamente.