En 1944, cerca del fin de la segunda guerra mundial una nave de origen desconocido se estrella en la sierra Brooks al norte de Alaska. La misma lleva pasajeros similares a humanos exteriormente, aunque más tarde se terminó confirmando que su origen es extraterrestre. Su ADN es ligeramente diferente (por el uno por ciento) al de los humanos, y envejecen a un ritmo mucho más lento. La mayoría de los supervivientes fueron capturados por el gobierno de Estados Unidos y recluidos en una instalación secreta cercana liderada por las agencias de inteligencia, ya que se negaron a revelar mucho acerca de su origen. Los supervivientes restantes, que solo sufrieron heridas leves, fueron capaces de escapar de la escena de la colisión y actualmente viven entre la población humana.

El presidente Elías Martínez descubre la existencia de dicha instalación poco después de su toma de posesión, y decide, después de reunirse con la líder de los reclusos, liberarlos y divulgar su existencia al mundo a pesar de las objeciones de las agencias de inteligencia. Su plan se retrasa cuando intentan asesinarle y dicho asesinato es frustrado por medios más allá de la tecnología humana. La CIA se da cuenta de la existencia de un grupo secreto de alienígenas, a quienes esperan interceptar y posteriormente matarlos. El agente escogido para encabezar dicha misión resulta ser también, un alienígena que se ha infiltrado, como parte de un plan de los mismos alienígenas, que se encuentran internamente divididos, para responder ante la dura situación.

El único enredado entre estos conflictos es Sean Walker, quien trata de comprometerse con su novia Leila en un crucero en el Mar Caribe, que queda interrumpido cuando ella desaparece misteriosamente del barco. Los intentos desesperados del muchacho por encontrar a su novia finalmente lo forzarán a intervenir en la mayor conspiración contra el gobierno de Estados Unidos y por lo tanto en una frenética carrera contra el tiempo.