Isla de perros narra la historia de Atari Kobayashi, un niño de 12 años custodiado por el corrupto Mayor Kobayashi. Cuando, debido a un Decreto Ejecutivo, todos los perros de la ciudad de Megasaki son exiliados a un gran vertedero llamado Trash Island, Atari se embarca en un pequeño propulsor Junior-Turbo y sobrevuela el río en busca de su perro-guardaespaldas, Spots. Una vez allí, con la ayuda de un grupo de chuchos a los que acaba de conocer, comienza un épico viaje que decidirá el destino y el futuro de toda la prefectura.